Message-Id: <9601091441.AA46405@mail.uni-muenster.de>
From: "Oliver Obst" <obsto@uni-muenster.de>
To: medibib-l
Date: Tue, 9 Jan 1996 15:43:23 +0100
Subject: (Fwd) interessante WWW Sites im Netz
Zur Info, O.Obst
------- Forwarded Message Follows -------
Date: Tue, 9 Jan 1996 13:49:34 +0100
To: biomein-info@www-ifi.uni-muenster.de
From: suhr@uni-muenster.de (Martin Suhr)
Subject: interessante WWW Sites im Netz
Hallo zusammen,
ich beschaeftige mich im Rahmen meiner Doktorarbeit u.a. mit
Struktur-Funktionsanalyse eines Proteins der aeusseren Membran von
E.coli.
In den letzten Wochen habe ich eine Reihe von Adressen von
WWW-Servern aus aller Welt gesammelt, die Programme zur Analyse von
Proteinen wie Homologiesuche, Sewkundaerstrukturanalyse, Molecular
Mode ling etc. anbieten.
Diese Adressen habe ich jetzt mal geordnet und in folgender
Uebersicht zusammengestellt:
(Das Dokument ist im uebrigen auch im Netz zugaenglich unter der
URL: http://www-ifi.uni-muenster.de/Dokumente/Biomein/biomolbio.html)
UEBERSICHT EINIGER FUER DIE MOLEKULARBIOLOGIE INTERESSANTEN WWW SITES
UND MAIL SERVER
The BioMolecular Engeneering Research Center (BMERC), Boston
- http://bmerc-www.bu.edu/psa/
- e-mail: psa-request@darwin.bu.edu ("help" im subject)
- protein sequence analysis; folding class probabilities
(alpha, alpha-beta, beta, irregular); secondary-structure probabilities;
Biological Computing Division (Weizmann Institute of Science)
- http://dapsas1.weizmann.ac.il/
- links zu molecules structure and modelling WEB servers
Protein Data Bank (PDB)
- http://www.pdb.bnl.gov
- archive of experimentally determined three-dimensional structures of
biological macromolecules (3763 proteins, 273 nucleic acids, 12 carbohydrates)
- interessante links zu protein analysis sites im WWW
- Zugriff auf PDB Newsletter ueber einen Mailing-Liste
(listserv@pdb.pdb.bnl.gov)
WEB Resources for Protein Scientists
- http://www.prosci.uci.edu/ProSciDocs/WWWResources.html
- Uebersicht: protein WWW resources, general biological WWW resources, u.a.;
Biomolecular Structure and Modelling group (UCLBSM)
- http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/index.html
- http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser
- http://bsmcha1.biochem.ucl.ac.uk:80/bsm/
- database browser, software, online analysis tools
NNPredict Server
- http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
- Server fuer Sekundaerstrukturananlyse von Proteinen (helix, strand)
- auch als e-mail Server: nnpredict@celeste.ucsf.edu
European Bioinformatics Institute (EBI)
- http://www.ebi.ac.uk/
- WWW Server, Zugriff auf Protein- und DNA-Datenbanken, Software u.a.
Pedro s BioMolecular Research Tools
- http://www.public.iastate.edu/~pedro/research_tools.html
- Uebersicht bzw. links zu interssanten molekularbiologischen
"search and analysis tools"
ENTREZ Browser - National Center for Biotechnology Information (NCBI)
- http://atlas.nlm.nih.gov:5700/Entrez/
- Browser mit Zugang zu versch. Kategorien:
MEDLINE
Proteindatenbank
Nukleotiddatenbank
3-D strukturdatenbank
Computational Biochemistry Research Group (CBRG, ETH Zuerich)
- http://cbrg.inf.ethz.ch/
- WWW peptide and nucleotide ananlysis server
Protein Domain Database (ProDom)
- http://www.sanger.ac.uk/~esr/prodom.html
- "comprehensive collection of protein families"
- Zugriff auf Swiss-Prot Datenbank
- Blast Programm
E-mail Server:
European Molecular Biology Laboratory (EBI), Hinxton
- Zugriff auf diverse Protein- und DNA-Datenbanken
- Zugriff auf Software
- Adresse: NETSERV@EBI.AC.UK
- Uebersicht per e-mail erhaeltlich ueber "help" Befehl
- Sequenzvergleich ueber FASTA@EBI.AC.UK2
European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Heidelberg
- E-Mail Server zur Proteinanalyse; Protein similarity search ueber
"best local similarity" Vergleich gegen die Swiss-Prot Datenbank
- Adresse: BLITZ@EMBL-Heidelberg.DE
- Uebersicht erhaeltlich ueber e-mail: "help" im body
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
- Adresse: blast@ncbi.nlm.nih.gov
- "help" im body ueber e-mail
- Zugang zu den Programmen BLAST (similarity search) und TBLASTX;
Zugang zu mehreren Proteindatenbanken (PDB, Swiss-Prot, Alu, u.a.)
und Nukleotiddatenbanken
(Stand 9.1.1996)
____________________________________________________________________________
Martin Suhr
ZMBE-Institut fuer Infektiologie
Von-Esmarch-Strasse 56
48149 Muenster
Tel. 0251-836731 (Labor)
Tel. 0251-2303916 (privat)
____________________________________________________________________________